新余市中等专业学校的毕业证书与普通高中毕业证书的效力并不完全相同。中专毕业证书主要强调职业技能的培训，而普通高中毕业证书则更注重基础学科的学习。因此，在学历认可上，两者存在一定差异。但在实际就业中，中专毕业证对于某些专业技能岗位可能会有更高的认可度。具体情况还需根据用人单位的实际需求和标准来确定。