赣州工业职业中等专业学校的毕业证书与普通高中毕业证书在效力上存在差别。职业中等专业学校颁发的毕业证书更多地反映了职业技能的培训与掌握，强调的是专业技能。而普通高中毕业证书更侧重于基础教育，为学生后续进入大学学习奠定基础。因此，两者虽然都是中等教育阶段的证书，但在用途和认可度上有所不同。