南昌市特殊教育学校的毕业证书与普通高中毕业证书的效力是不同的。特殊教育学校针对的是有特殊需求的学生，其课程设置和教育方式是根据学生的特殊需求来制定的。而普通高中则是面向全体学生的普通教育。因此，两者的毕业证书在效力上会存在差异。不过，特殊教育学校的毕业证书也是国家认可的学历证明，其效力具体还需根据社会需求和岗位要求来确定。