崇仁县职业教育中心的毕业证书与普通高中毕业证书的效力在某些方面有所不同。职业教育更侧重于职业技能的培训，而普通高中则注重基础学科的学习。因此，两者的毕业证书在证明学历方面可能有所不同。至于具体效力，还需根据用人单位的需求和国家的政策规定来确定。建议咨询当地教育部门或相关用人单位，以获取更详细的信息。