万年中等专业学校的毕业证书与普通高中毕业证书的效力在一定程度上是等同的。中等专业学校注重职业技能培训，而普通高中则更侧重于基础知识教育。虽然两者教育方向不同，但都是国家认可的教育体系，毕业证书在求职、升学等方面都有相应的效力。然而，具体效力还需根据用人单位或升学要求的具体需求来确定。