赣州市南康中等专业学校的毕业证书与普通高中毕业证书的效力是不同的。中专教育重点在于职业技能的培训，而普通高中则更注重学术知识的传授。因此，中专毕业证书证明的是专业技能的学习和掌握，而普通高中毕业证书则证明基本的文化素养水平。至于社会认可度及就业方面，会因行业和地区而异。但不论是中专还是高中毕业证书，都是个人学习经历的重要证明，都需要通过实际能力来证明其价值。