赣州市军科职业技术学校的毕业证书与普通高中毕业证书在效力上有所不同。职业技术学校颁发的毕业证书主要证明学生在特定职业技能和专业知识方面的学习成果，与普通高中毕业证书的教育层次和性质不同。因此，这两者的毕业证书在效力上存在差异，不能简单等同。具体效力还需根据社会需求和行业规范来判定。