九江市柴桑区中等职业技术学校的毕业证书与普通高中毕业证书在效力上有所不同。虽然中专和高中都是中等教育阶段，但中专更侧重于职业技能培训，而高中则注重基础学科教育。因此，中专毕业证书在证明职业技能方面更具优势，而高中毕业证书则更多体现基础文化素养。具体效力还需根据用人单位需求和实际情况来定。