抚州市临川区昌茂职业高级中学毕业证书与普通高中毕业证书的效力是不同的。昌茂职业高级中学主要注重职业技能培训，其毕业证书在职业领域有一定认可度。而普通高中毕业证书则更侧重于学术知识和基础教育，具有更广泛的认可度。因此，两者在效力上存在差异。具体情况还需根据用人单位的实际需求和个人就业方向来判断。