南昌市新建区职业技术学校的毕业证书与普通高中毕业证书在效力上有所不同。职业技术学校毕业证书更注重职业技能培训，针对特定行业或职业领域，对于进入相关领域工作具有实际帮助。而普通高中毕业证书则更偏向于基础教育，为高等教育提供基础。因此，两者虽然都是完成相应阶段学习的证明，但在职业选择和认可度上存在差异。具体效力还需根据用人单位需求和实际情况而定。