南康区电子工业技术学校的毕业证书与普通高中毕业证书的效力是不同的。电子工业技术学校的毕业证书主要证明学生在某一职业技能或专业领域有一定的学习和技能掌握，而普通高中毕业证书则是证明学生完成了基础教育的学业。因此，两者的证书性质、效力及用途都有所不同。具体效力还需根据社会需求和用人单位的要求来判断。