江西九江科技中等专业学校在处理学生违纪行为时，首先会进行事实调查，确保情况的准确性。依据学校纪律规定和违纪程度，学校会采取警告、记过、留校察看等不同程度的处罚措施。同时，学校注重引导学生认识到自身错误，通过心理辅导、教育谈话等方式帮助学生改正行为。对于严重违纪行为，学校将依法依规处理，并与学生家长沟通合作，共同促进学生的成长和进步。