赣州新江南职业技术学校的毕业证书与普通高中毕业证书的效力并不完全相同。虽然职业学校着重培养学生的职业技能，为学生提供实用的专业知识，但其学历证书并不等同于普通高中的学历证书。普通高中的毕业证书更多的是强调学术基础和综合素养，对于进入大学等更高阶段的学习更有优势。因此，两者的毕业证书在效力上存在一定差异。