吉安应用工程学校的毕业证书与普通高中毕业证书的效力不完全相同。吉安应用工程学校主要侧重于职业技能培训，其毕业证书在职业技能方面更具专业性。而普通高中毕业证书则代表学生完成了基础教育阶段的学业。因此，两者虽然都是教育证书，但在教育阶段和侧重点上有所不同。至于具体效力，还需根据用人单位的实际需求和具体法律法规来判断。