九江市理工职业技术学校的毕业证书与普通高中毕业证书的效力有所不同。普通高中毕业证书通常作为学生接受基本教育的证明，具有较广泛的认可度。而职业技术学校毕业证书主要证明学生在特定职业或技术领域的教育和培训，其效力更多限于职业领域。因此，两者的效力并不完全相同。具体情况还需根据用人单位的需求和认可程度而定。