江西九江科技中等专业学校的毕业证书与普通高中毕业证书的效力是不同的。科技中等专业学校主要培养技术技能人才，而普通高中则注重基础教育。因此，两者的毕业证书在学历层次和课程设计上存在差异。一般来说，普通高中的毕业证书在学历上更高，具有更广泛的认可度。不过，具体情况还需结合用人单位的实际需求和当地政策来确定。