新余特种防卫学校的毕业证书与普通高中毕业证书的效力并不完全相同。特种防卫学校主要培养学生特定的技能，如军事技能、安保技能等，而普通高中则注重全面的文化教育。因此，两者的毕业证书在性质、和认可程度上有所差异。一般来说，普通高中毕业证书具有更广泛的认可度，用于进一步的高等教育或就业。而新余特种防卫学校的毕业证书更侧重于特定领域的就业。具体效力还需根据社会需求和行业认可来判定。