萍乡市武功山中等专业学校的毕业证书与普通高中毕业证书并不具有同等效力。中专学校注重职业技能培训，而普通高中则更注重基础教育。两者的教育方向和存在差别，因此毕业证书的性质和效力也不同。武功山中等专业学校的毕业证书是证明学生完成中等职业教育并获得了相应的职业技能的证明，其在职业领域的认可度较高，但在普通教育领域则可能有所不同。