在赣州市军科职业技术学校，对于违纪学生的处理是非常严肃认真的。学校会根据学生违纪的严重程度，采取相应的纪律处分措施。这些措施包括但不限于警告、记过、留校察看、开除学籍等。同时，学校也会注重教育引导，帮助学生认识到自己的错误，并给予改正的机会。在处理学生违纪行为时，学校会依法依规进行，确保公正公平。