赣州应用技术职业学校对于违纪的学生会采取严肃处理。首先，学校会通过调查了解事情的真相和严重程度。根据违纪情况，学校会给予口头警告、书面警告或者更严肃的处理措施如记过、留校察看、直至开除学籍等。同时，学校会提供教育辅导，帮助学生认识到自己的错误，引导其改正行为。学校始终致力于营造一个良好的学习和生活环境，确保每位学生都能得到良好的教育。