赣州理工职业技术学校的毕业证书与普通高中毕业证书的效力并不完全相同。虽然两者都是教育部门的认证学历，但赣州理工职业学校的毕业证书更注重职业技能的培训，更适合进入职业领域。而普通高中毕业证书更偏向基础教育，为大学教育打基础。因此，在求职或升学时，两种证书的作用会有所不同。具体还需根据招聘或升学要求来判断。