余干县中等职业学校的毕业证书与普通高中毕业证书的效力并不完全相同。虽然中等职业学校着重培养学生的职业技能，但学历层次上，中专学历还是与普通高中学历有所区别。普通高中毕业证书更广泛地适用于高等教育及一些职业领域的入学要求。因此，具体效力还需根据具体情境和需求来判断。建议咨询当地教育部门或相关机构获取更准确的答案。